W związku z występującymi w szklarniach chorobami i szkodnikami roślin, należy przygotować się do ich zwalczania. Rozróżnić można termiczne (związane z działaniem wysokich temperatur) i chemiczne (polegające na oddziaływaniu różnych preparatów) metody walki z chorobami i szkodnikami roślin. Przy stosowaniu walki termicznej ważną rzeczą jest wyposażenie szklarni w urządzenia służące do dezynfekcji gleby. Urządzeniem tradycyjnym są specjalne kotły, w których paruje się ziemię, doprowadzając do odpowiedniej temperatury. Urządzeniami nowoczesnymi są: brona parowa, widły parowe, a ostatnio elektrody elektryczne. Działanie np. brony parowej polega na wbiciu jej zębów w ziemię i połączeniu za pomocą rury z kotłem wytwarzającym parę. Zęby tej brony stanowią rurki, przez które para dostaje się do ziemi. Czynność tę wykonuje również tzw. grzebień parowy, składający się z zębów (rurek) zaopatrzonych w otworki o przekroju 3 mm, umieszczonych w odstępach 75 mm, przez które para dostaje się do ziemi. Ze środków chemicznych do dezynfekcji gleb w szklarniach są stosowane: formalina 1-procentowa, Terrafun (przeciw chorobom) i Vapam (przeciw szkodnikom).